格鲁派的创建人是宗喀巴（1357-1419），他出生于青海省湟中县塔尔寺地方，本名罗桑扎巴。幼年在噶当派寺庙甲琼寺出家，依顿珠仁钦学显教，对噶当派教义有了初步认识。由师劝说并助其赴卫藏深造。先后游学了当时有名的噶当寺院，如德瓦坚、桑浦、聂塘、纳塘、玖莫隆等，依止聂塘巴-扎巴僧格、耶协僧格、聂温•衮噶白、顿桑巴、噶希巴-罗桑、仁达瓦等学习了龙树的理聚诸论、慈氏诸论、俱舍、律经、量论等，还听了噶当教典派的《道次第导引》，系统地学习了噶当派的教法，接受了噶当派思想体系。此外还依止穹布勒巴和萨迦派、觉囊派、噶举派的诸多大师，学习了密乘下三部瑜伽和无上部的《密集》、《胜乐》、《大威德》、《时轮》等。他把噶当派和其它派别大德的显密教法熔为一炉，构成他自己一套完整的教法体系，为他后来建立格鲁派打下了基础。当时，宗喀巴所处的时代正是教派僧人争夺政权，进行战争，醉心政治，佛法宗教无人过问之时，以致寺庙戒律松驰，僧人放荡自恣。佛教内部的思想也极为紊乱，邪说百出，目睹此情，大师遂立下了改革之志。1409年他建了甘丹寺，先从甘丹寺下手，逐步把他改革的思想付诸实施。规定寺中僧人必须严守戒律，规定佛制；树立讲听之风，僧人必须研学经典，制定学习规程；在管理寺庙方面，制定了一些寺庙组织体制和僧人的生活准则。大师自己亦严守律戒，生平专以讲经、辩论、著述三种方式来宣传他的宗教和哲学的观点，以便推动改革的逐步发展，大师的及门弟子甚多，俊彦倍出，由于共同努力，才使改革的事业蓬勃发展，使佛教的面貌翻然一新。大师对修学方面，提倡显密并重，先显后密。在显教方面著《菩提道次第广、中、略三论》，在密教方面著《密宗道次第》，在抉择正见方面著《入中论》注疏等作为修学理论基础。大师博学多闻，其他著述尚多，这里就不一一列举了。六十三岁圆寂。由于他树立了新教规，他的随行弟子则成一派，称为格鲁派，译言善规派，同时他是以噶当派教法六论为基础，增加了中观正见及密乘方便而建立起来的教风，所以本派又称为新噶当派。
格鲁派之创建开始于宗喀巴，然而发展使其成为完整之派风，实有赖于大师众弟子之共同努力而完成的。大师为推行其改革计划故建甘丹寺，意义非常重大。他在临逝前，以法衣付弟子甲曹吉，殷重嘱咐发扬善规。甲曹吉继承法座。宗喀巴逝世后，弟子们本着大师遗愿，发扬其宗风，又分头建寺，先后建立的哲蚌寺、色拉寺与母寺之甘丹寺，合称为卫部的三大寺，后来又修建起藏部的札什伦布寺，合称为卫藏四大寺，各寺内均成立学院，分科修学显教，此后又相继成立了上下密乘院。这些道场的建立使大师制定之显密教法大为弘广。继甲曹吉后住持法座的为克珠吉。此后法位继承人又采用了甘丹赤巴制，推选精通显密教理并经严格考试之人担任之，这样来保持优良宗风稳定不变。公元16世纪时，哲蚌寺又认定根敦嘉措为宗喀巴大弟子根敦朱巴之转世，作为第二辈达赖，追认根敦朱巴为第一辈，创兴达赖的活佛转世制度，用教主制来保证格鲁派的发展，第五辈达赖阿旺洛桑嘉措，得蒙古固始汗之助，建立了甘丹颇章政权。于是政教大权，集于一身，格鲁派之发展得到了更可靠之保证。札什伦布寺僧又认定洛桑却季坚赞为宗喀巴第二大弟子克珠吉的转世，从此卫藏的政教合一制得到更加巩固。格鲁派在政治上的得势，促成本派更加向外扩展，使黄教寺庙几乎遍及于阿里、康区、青海及边远之蒙古地区。
由甘丹主寺最早发展出来的为哲蚌寺，该寺创建人为扎西班丹。扎西班丹，通称降仰却吉(1379-1449)，宗喀巴的大弟子,他博通显密，讲听传授，一遵宗师规制。奉师指示，1416年在拉萨西之根培伍子山建哲蚌寺，寺内成立七大扎仓，实施宗喀巴教学的改革计划。以后达赖第二、第三、第四辈均在此坐床。五辈达赖在此建立甘丹颇章宫，掌管西藏地方政教大权。
宗师弟子释迦耶协，通称降钦却吉(1352-1435)，曾代表宗师晋京，朝拜明永乐皇帝，受封为大慈法王，回藏后将皇帝赐和帕竹政权官员的资助，于1419年兴建色拉寺，寺在拉萨北郊，寺内分显宗二扎仓、密宗一扎仓，传播宗师学说。
大师弟子根敦朱巴(1391-1474)，即后来追认之第一辈达赖。甘丹赤巴霞鲁大师之后曾请他继任甘丹法座。因当时萨迦教法正处于复兴时期，后藏有鄂钦、果释迦等大师法缘颇为兴旺。他为了能把大师正教弘传于后藏，抛弃甘丹赤巴职务赴后藏，1447年在日喀则附近建札什伦布寺。到第四辈班禅洛桑却季坚赞时又大加扩建，作为历辈班禅驻锡之地。寺内分显宗三扎仓、密宗一扎仓，树立宗师显密大法的讲听之制。
关于密乘的弘传情形。大师弟子喜饶僧格(1382-1445)，曾在师前领受传法衣帽，肩负起弘扬大师密教任务。他先在后藏伦布孜寺，依宗师密法规制建立曼荼罗法的事相和续部的讲听。后建僧格孜寺，亦如伦布孜寺一样以大师的思想为指导，规定学密程序，完全遵守宗师的密法规制。其徒有都迦瓦、都拿巴，领承他的传授，在色浦隆兜率宫建立举巴扎仓，遂产生了藏堆的举巴法系，自成一个系统。喜饶僧格因与举堆扎仓意见不合，又从后藏返回拉萨，1433年在拉萨市内建立下密院。喜饶僧格弟子衮噶顿朱，1464年先在墨笔工卡县建上密院。1485年迁来拉萨在小昭寺内成立上密院。四大寺和上下密院之建立使大师的显密教法得到广大发扬。又各寺中均建立有活佛制保持其传承系统。
随着格鲁派的发展，格鲁的寺庙也扩展到广大边远地区。现略说其大概情形。
大师的法嗣喜饶僧格的弟子堆-喜饶桑布，得师传授密法，后在阿里修建达磨寺，以后发展到桑噶、谷格、咱让等地，树立大师良好教规，发展格鲁派。
大师的再传弟子麦-协饶桑布，曾任色拉寺副讲，其讲风完全遵守大师规制，本人也严守戒律。经衮勤-降森巴劝请，他回朵康，改建昌都寺，首弘大师教法于康区。他有弟子甚多，广建寺宇，使格鲁派遍于号称为六冈、六绒、六雪、三茹的整个朵康地区，各地皆有其传承系统。
第三辈达赖索南嘉措在康南理塘主持修建黄教的第一座寺院长春科尔寺。公元17世纪时因始汗统治了卫、藏、康，为了巩固他的统治地位，帮助黄教建立寺院。公元1662年五辈达赖就派霍尔阿旺然吉赴康，在康北甘孜修建了黄教第一座寺院甘孜寺，以后发展为十三寺，先是第三辈达赖索南嘉措赴蒙时，路经青海湟中县，此处为宗师诞生之地，立有宝塔。甲穹扎寺为宗师母寺，遂使戒师沃色嘉措建立藏衮扎仓，住持数任后发展为显密两院和医学院(1560-1579)。后又发展扩建为塔尔寺。1577年命名为衮绷降巴林寺
降仰-协巴多吉(1648-1722)为宗师法嗣根敦嘉措的弟子，1710年他赴甘肃夏河县修建显密六个扎仓的大学院，即有名之拉卜楞寺。
此外，大师的法嗣在青海还修建有敦隆寺、色阔寺，在内蒙的多伦尔寺等等，大大小小的寺院甚多，这里就不详细述说了。
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